1973年以來，他在中國科學院生物物理所與合作者經過二十年長期艱苦攻關，發表論文110篇。寫成專著《針灸經絡生物物理學-中國第一大發明的科學驗證》（北京出版社，1989）。他們運用電子學、生物化學、生物物理、聲學和形態及動植物等多種學科檢測和獨特的實驗法，準確地揭示人體經絡線的分布位置，證實了古典經絡圖譜的高度科學性和客觀存在。以后又提出“經絡是多層次、多功能、多形態立體結構的調控系統”的理論。這一研究成果運用于臨床之中，取得神奇效果。因此獲得國家科委首屆“星火杯”創造發明特等獎。此外還10次榮獲國家衛生部、市科委等科學進步獎。

　　祝總驤現在是中國科學院生物物理所主任教授、中國管理科學院終身教授，并被美國國際針灸醫學院聘為教授。他先后幾十次出國訪問，10次被授予榮譽勛章、會員、科學博士、教授、顧問等稱號。

 　　祝教授根據經絡學說提出了“312經絡百歲健身法”，現已被國家體育總局推薦為科學健身法。國內外已有上千萬人應用這一方法進行自我醫療保健，取得優異效果。

　　2008年11月，首屆“中華原創醫學復興論壇”在京召開，論壇的主題是“重鑄中華醫魂”。祝總驤先生作為演講嘉賓參加了本論壇，演講題目是《312經絡鍛煉法與人類健康》。 

　　主要事跡

      ★中國科學院生物物理研究所終身教授
 　  ★首次科學實驗證明人體經絡存在的世界級經絡學家
　　★北京炎黃經絡研究中心主任
　　★被美國、英國、法國等十余國授予勛章、院士、博士、教授、顧問等稱號
 　  ★國家首屆“星火杯”創造發明特等獎獲得者
 　  ★其首創的“312”經絡鍛煉法全球受益人群超過3000萬人，遍及數十個國家
　　★“312”經絡鍛煉法被國家體育總局推薦為科學健身法
　　★歐盟連續11年派遣代表團來華學習“312”經絡鍛煉法
　　★中央電視臺、中央人民廣播電臺、《人民日報》、《世界日報》等海內外權威媒體持續關注近20載。