①通行元氣。三焦通行元氣之說，首見于《難經》。如三十一難說：“三焦者，水谷之道路，氣之所終始也。”三十八難說：“所以腑有六者，謂三焦也，有原氣之別使，主持諸氣。”六十六難說：“三焦者，原氣之別使也，主通行三氣，經歷五臟六腑。”原文明確地說明三焦是人體元氣(原氣)升降出入的道路，人體元氣是通過三焦而到達五臟六腑和全身各處的。

　　元氣，為人體最根本的氣，是生命活動的原動力。元氣根于腎，通過三焦別入十二經脈而達于五臟六腑，故稱三焦為元氣之別使。《中藏經·論三焦虛實寒熱生死逆順脈證之法》對三焦通行元氣的生理作用作了更為具體地描述：“三焦者，人之三元之氣也，號曰中清之府，總領五臟六腑、營衛、經絡、內外、左右、上下之氣也。三焦通，則內外左右上下皆通也，其于周身灌體，和內調外，營左養右，導上宣下，莫大于此也。”因為三焦通行元氣于全身，是人體之氣升降出入的通道，亦是氣化的場所，故稱三焦有主持諸氣，總司全身氣機和氣化的功能。如果元氣虛弱，三焦通道運行不暢或衰退，就會導致全身或某此部位的氣虛現象。

 
　　②運行水谷。《素問·金匱真言論》稱三焦為六腑之一，《素問·五藏別論》稱三焦為傳化之府，其具有傳化水谷的功能。《素問·六節藏象論》說：“三焦……倉廩之本，營之居也，名曰器，能化糟粕，轉味而入出者也。”指出三焦具有對水谷的精微變化為營氣，以及傳化糟粕的作用。《難經》明確提出三焦的運行水谷作用，如三十一難說：“三焦者，水谷之道路，氣之所終始也。上焦者，在心下，下膈，在胃上口，主內而不出。……中焦者，在胃中脘，不上不下，主腐熟水谷。……下焦者，當膀胱上口，主分別清濁，主出而不內。”水谷在人體運行道路及氣之所終始，包括飲食物的消化、精微物質的吸收、糟粕的排泄全部過程，用“三焦者，水谷之道路”來概括。并根據上、中、下三焦所處部位不同，對水谷運行過程中所起的作用也就不同，而有上焦主納，中焦主腐熟，下焦主分別清濁、主出的具體描述。這是以三焦運行水谷來概括飲食物的消化、吸收及排泄的功能。

　　③運行水液。三焦為人體水液運行的主要通道，這在《內經》中有多處論述，如《素問·靈蘭秘典論》說：“三焦者，決瀆之官，水道出焉。”《靈樞·本輸》說：“三焦者，中瀆之腑，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也。”說明三焦是人體管理水液的器官，有疏通水道，運行水液的作用。

　　人體水液代謝是一個復雜的生理過程，是多個臟腑的一系列生理功能的綜合作用。如《素問·經脈別論》說：“飲入于胃，游溢精氣，上輸于脾，脾氣散精，上歸于肺，通調水道，下輸膀胱，水精四布，五經并行。”水液代謝雖由胃、脾、肺、腎、腸、膀胱等臟腑共同協作而完成，但人體水液的升降出入，周身環流，則必須以三焦為通道才能實現。因此，三焦水道的通利與否，不僅影響到水液運行的遲速，而且也必然影響到有關臟腑對水液的輸布與排泄功能。也可以說，三焦運行水液，是對脾、肺、腎等臟腑主管水液代謝作用的綜合概括。